ส่วนวิศวกรรม ส่วนติดตามและประเมินผล ฝ่ายบริหารทั่วไป สำนักงานก่อสร้างชลประทานขนาดใหญ่ที่ 1 สำนักงานก่อสร้างชลประทานขนาดใหญ่ที่ 2 สำนักงานก่อสร้างชลประทานขนาดใหญ่ที่ 3 สำนักงานก่อสร้างชลประทานขนาดใหญ่ที่ 4 สำนักงานก่อสร้างชลประทานขนาดใหญ่ที่ 5 สำนักงานก่อสร้างชลประทานขนาดใหญ่ที่ 6 สำนักงานก่อสร้างชลประทานขนาดใหญ่ที่ 7 สำนักงานก่อสร้างชลประทานขนาดใหญ่ที่ 8 สำนักงานก่อสร้างชลประทานขนาดใหญ่ที่ 9 สำนักงานก่อสร้างชลประทานขนาดใหญ่ที่ 10 สำนักงานก่อสร้างชลประทานขนาดใหญ่ที่ 11 สำนักงานก่อสร้างชลประทานขนาดใหญ่ที่ 12 สำนักงานก่อสร้างชลประทานขนาดใหญ่ที่ 13

สำนักงานเลขานุการกรม กองการเงินและบัญชี สำนักกฎหมายและที่ดิน กองแผนงาน กองพัสดุ ศูนย์เทคโนโลยีสารสนเทศและการสื่อสาร สำนักเครื่องจักรกล สำนักบริหารโครงการ สำนักบริหารทรัพยากรบุคคล สำนักวิจัยและพัฒนา สำนักสำรวจด้านวิศวกรรมและธรณีวิทยา สำนักออกแบบวิศวกรรมและสถาปัตยกรรม สำนักบริหารจัดการน้ำและอุทกวิทยา สำนักงานจัดรูปที่ดินกลาง กลุ่มพัฒนาระบบบริหาร กลุ่มตรวจสอบภายใน กลุ่มกิจกรรมพิเศษ สถาบันพัฒนาการชลประทาน สำนักส่งเสริมการมีส่วนร่วม กองพัฒนาแหล่งน้ำขนาดกลาง สชป.1 จ.เชียงใหม่ สชป.2 จ.ลำปาง สชป.3 จ.พิษณุโลก สชป.4 จ.กำแพงเพชร สชป.5 จ.อุดรธานี สชป.6 จ.ขอนแก่น สชป.7 จ.อุบลราชธานี สชป.8 จ.นครราชสีมา สชป.9 จ.ชลบุรี สชป.10 จ.ลพบุรี สชป.11 จ.นนทบุรี สชป.12 จ.ชัยนาท สชป.13 จ.กาญจนบุรี สชป.14 จ.ประจวบคีรีขันธ์ สชป.15 จ.นครศรีธรรมราช สชป.16 จ.สงขลา สชป.17 จ.นราธิวาส